developerWorks の 進化するアーキテクチャーと新方式の設計: 設計のためのリファクタリング という記事で、コードの重複を検出するツールが紹介されています。 CPD という名前で、Copy/Paste Detector の略だとか。

PMD – Finding copied and pasted code

PMD という静的コード解析ツールの一部として入手できます。